Does he believe that Khilafat and Imamat are two different things? Because their scholars explain it to mean one and same.
In his “Siyar A’laam un-Nubulaa” at page 259 Dhahabi narrated:
كتب إلي عبد المنعم بن يحيى الزهري، وطائفة قالوا: أنبأنا داود بن أحمد، أنبأنا محمد بن عمر القاضي، أنبأنا عبد الصمد بن علي، أنبأنا أبو الحسن الدارقطني، حدثنا أحمد بن محمد بن إسماعيل الادمي، حدثنا محمد بن الحسين الحنيني، حدثنا مخلد بن أبي قريش الطحان، حدثنا عبد الجبار بن العباس الهمداني، أن جعفر بن محمد أتاهم وهم يريدون أن يرتحلوا من المدينة، فقال: ” إنكم إن شاء الله من صالحي أهل مصركم، فأبلغوهم عني: من زعم أني إمام معصوم مفترض الطاعة، فأنا منه برئ، ومن زعم أني أبرأ من أبي بكر وعمر، فأنا منه برئ “.
From Abdul Jabar ibn Al-Abbas al-Hamadani: ”Jafar as-Sadiq came to them when they were leaving Madinah and told them: You are inshallah from amongst the best of people from your country (or from your Egypt) So report to them from me: He who claims that I’m an infallible
Imam who must be obeyed, I disassociate myself from him and he who claims that I disassociate myself from Abu Bakr and Umar, I disassociate myself from him.”
On the other hand he wanted to govern base on Quran and Sunna of Prophet (pbuh) while due to sunnah of previous caliphs many thing had got changed specially people which was in contradiction of sunnah of Prophet:
حَدَّثَنَا عَبْدُ اللَّهِ , قَالَ : حَدَّثَنِي سُرَيْجُ بْنُ يُونُسَ مِنْ كِتَابِهِ ، قثنا مَرْوَانُ بْنُ مُعَاوِيَةَ الْفَزَارِيُّ ، قَالَ : أنا عَبْدُ الْمَلِكِ بْنُ سَلْعٍ الْهَمْدَانِيُّ ، عَنْ عَبْدِ خَيْرٍ ، قَالَ : سَمِعْتُهُ يَقُولُ : قَامَ عَلِيٌّ عَلَى الْمِنْبَرِ ، فَذَكَرَ رَسُولَ اللَّهِ صَلَّى اللَّهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ ، فَقَالَ : ” قُبِضَ رَسُولُ اللَّهِ صَلَّى اللَّهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ وَاسْتُخْلِفَ أَبُو بَكْرٍ ، فَعَمِلَ بِعَمَلِهِ وَسَارَ بِسِيرَتِهِ ، حَتَّى قَبَضَهُ اللَّهُ عَلَى ذَلِكَ ، ثُمَّ اسْتُخْلِفَ عُمَرُ فَعَمِلَ بِعَمَلِهِمَا ، وَسَارَ بِسِيرَتِهِمَا ، حَتَّى قَبَضَهُ اللَّهُ عَلَى ذَلِكَ “
حَدَّثَنَا حَدَّثَنَا عَلِيٌّ ، حَدَّثَنَا الْحُسَيْنُ بْنُ إِسْمَاعِيلَ الْمَحَامِلِيُّ ، حَدَّثَنَا مَحْمُودُ بْنُ خِدَاشٍ ، حَدَّثَنَا مَرْوَانُ بْنُ مُعَاوِيَةَ ، حَدَّثَنَا عَبْدُ الْمَلِكِ بْنُ سِلْعٍ الْهَمْدَانِيُّ ، حَدَّثَنَا عَبْدُ خَيْرٍ قَالَ : قَامَ عَلِيٌّ عَلَى الْمِنْبَرِ فَقَالَ : قُبِضَ رَسُولُ اللَّهِ صَلَّى اللَّهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ وَاسْتُخْلِفَ أَبُو بَكْرٍ ، وَعَمِلَ بِعَمَلِهِ وَسَارَ بِسِيرَتِهِ حَتَّى قَبَضَهُ اللَّهُ ، ثُمَّ اسْتُخْلِفَ عُمَرُ فَعَمِلَ بِعَمَلِهِمَا ، وَسَارَ بِسِيرَتِهِمَا حَتَّى قَبَضَهُ اللَّهُ عَزَّ وَجَلَّ عَلَى ذَلِكَ .
Abd khair said (once)Ali(ra) while he was sitting on the minbar, said: Prophet(Saw) passed away and abubakar(ra) was appointed as khalipha . He(ra) implemented his duty according to the way of prophet(Saw) and continued working according to the seerah of prophet(Saw) until he died, then umar(ra) became the khalipha, he too implemented his duty like the way prophet(saw) and abubakar(ra) did, and worked according to their seerah and died on the same way(Fadhail Sahaba by Imam Ahmed, Rijaal Thiqaat ; Majmua al zawaid, vol 5, page 179).
For detailed response, refer to Argument 5 and the reply in this article
https://youpuncturedtheark.wordpress.com/2014/09/11/5-sunni-answers-to-shiapens-article-on-fadak-and-inheritance-of-prophetsaw-chapter-five/